伊吾縣人民法院建立于1951年3月。1954年1月16日，法院內(nèi)設審判室和秘書室，審判室主管刑事、民事案件的審理，隸屬于哈密地區(qū)中級人民法院。1969年4月，成立了伊吾縣革命委員會，設立人民保衛(wèi)組，人民法院機構(gòu)完全解體。1976年，文革結(jié)束后，伊吾縣法院得以恢復。2002年，在機構(gòu)改革中，根據(jù)法院擔負職責，內(nèi)設8個職能部門，即辦公室、立案庭、刑事審判庭、民事審判庭、行政審判庭、審判監(jiān)督庭、執(zhí)行局和司法警察大隊。2012年，伊吾縣法院政法編制專項編制31名，定向編制1名。2012年伊吾縣法院內(nèi)設機構(gòu)調(diào)整到12個，即：辦公室、研究室、政工科、紀檢組(監(jiān)察室)、立案庭、刑事審判庭、民事審判庭、行政審判庭、審判監(jiān)督庭、執(zhí)行局、司法警察大隊、基層人民法庭。目前，伊吾縣人民法院核定內(nèi)設機構(gòu)12個，政法專項編制31名，定向編制1名，事業(yè)(工勤)編制3名。