合肥鐵路運輸法院是國家設立的專門法院，其前身是原蚌埠鐵路運輸法院。1957年9月30日濟南鐵路運輸法院蚌埠派出庭于正式撤銷。1979年7月1日，決定重建鐵路運輸法院。1980年8月，開始籌備蚌埠鐵路運輸法院。1981年12月25日啟用蚌埠鐵路運輸法院印鑒。1982年5月1日，蚌埠鐵路運輸法院正式辦案。2012年2月，根據鐵路司法體制改革的要求，蚌埠鐵路運輸法院移交協(xié)議簽字儀式在合肥舉行。2012年6月，根據最高人民法院的批復及移交協(xié)議，合肥鐵路運輸法院正式揭牌。這標志著，原蚌埠鐵路運輸法院將徹底脫離鐵路企業(yè)，一次性整體納入國家司法管理體系，實行屬地管理，由合肥市中級人民法院管理。合肥鐵路運輸法院定編42人，機構設置暫為5庭1室1處，(刑事審判庭、民事審判庭、立案庭、審判監(jiān)督庭、執(zhí)行庭、政治處、辦公室)。