該所依托醫(yī)科大學(xué)的雄厚技術(shù)資源和人才優(yōu)勢，于2002年6月經(jīng)江蘇省司法廳批準(zhǔn)正式成立的社會(huì)鑒定機(jī)構(gòu)，并由最高人民法院向全國公示，其前身是南京醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)教研室，早在上世紀(jì)五十年代就開始從事法醫(yī)鑒定工作。2005年3月在原有“南京醫(yī)科大學(xué)司法鑒定所”基礎(chǔ)上掛牌增設(shè)“江蘇省婦女傷情鑒定中心”，2013年獲得“江蘇省司法鑒定先進(jìn)集體”稱號(hào)；2016年獲得司法部司法鑒定管理局第二屆“宋慈杯”優(yōu)秀獎(jiǎng)。該所現(xiàn)有專業(yè)司法鑒定人21名，其中法醫(yī)病理類鑒定人14名、法醫(yī)臨床類鑒定人13名、法醫(yī)物證類鑒定人7名，具有高級(jí)職稱11名，研究生以上學(xué)歷的占61.1%；下設(shè)法醫(yī)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室、解剖室、法醫(yī)病理實(shí)驗(yàn)室、法醫(yī)臨床實(shí)驗(yàn)室（電生理檢測等）、毒化實(shí)驗(yàn)室五個(gè)實(shí)驗(yàn)室，擁有專業(yè)檢查、檢測儀器（3130型全自動(dòng)遺傳分析儀、圖像分析系統(tǒng)、視聽覺電生理系統(tǒng)等），總資產(chǎn)達(dá)500余萬元。