1986年5月，蕪湖市人民檢察院回遷原址蕪湖市北京路46號新建的機(jī)關(guān)辦公大樓。1988年8月，青陽縣人民檢察院劃歸安徽省人民檢察院池州地區(qū)分院領(lǐng)導(dǎo)。1990年7月，隨行政區(qū)劃調(diào)整，設(shè)鳩江區(qū)人民檢察院，撤銷裕溪口、四褐山、郊區(qū)3區(qū)檢察院，蕪湖市人民檢察院下轄蕪湖、繁昌、南陵3縣檢察院和新蕪、鏡湖、馬塘、鳩江4區(qū)檢察院。 至2002年蕪湖市人民檢察院內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)分別為辦公室、政治部（內(nèi)設(shè)干部科、宣傳教育科）、反貪污賄賂局（內(nèi)設(shè)偵查科、偵查指揮中心辦公室、綜合指導(dǎo)科）、瀆職侵權(quán)檢察處、偵查監(jiān)督處、公訴處、監(jiān)所檢察處、民事行政檢察處、控告申訴檢察處（與舉報(bào)中心、刑事賠償工作辦公室合署）、職務(wù)犯罪預(yù)防處、檢察技術(shù)處、法律政策研究室（與檢察委員會辦公室合署）、行政裝備處、警務(wù)處（法警支隊(duì)）、監(jiān)察室（中共蕪湖市紀(jì)律檢查委員會派駐市檢察院紀(jì)檢組合署）。8月，成立中共蕪湖市人民檢察院機(jī)關(guān)黨委。